Nel 1093 il Benedettino Adalberto da Cluny, che aveva già fondato a Pontida un monastero di monaci della sua riforma, volle istituirne un altro di monache a Cantù, da dedicare alla Beata Vergine.
A capo del Monastero pose come Priora Agnese di Borgogna alla quale, così come alle suore che continuano il suo insegnamento, la tradizione della lavorazione del prezioso merletto canturino.
Il Monastero fu riedificato nel 1690 e, nello stesso anno, fu annesso alla Chiesa di Santa Maria edificata al suo fianco (1665-1680) per cura degli ingegneri Gerolamo e Giovan Battista Quadrio.
L’imponente chiesa, a pianta centrale con otto colonne corinzie raggruppate in coppie, dove ancora riposano le reliquie della prima Priora Agnese, e il vicino Monastero subirono deplorevoli devastazioni durante la Repubblica Cisalpina (nel 1798 la stessa Repubblica soppresse anche l’Ordine delle Benedettine e la fabbrica fu trasformata in caserma); successivamente la chiesa fu comperata all’asta da Giacinto Galimberti e, dopo il ritorno degli Austriaci, fu restaurata e consacrata a cura del Prevosto Carlo Annoni.
Il convento invece divenne proprietà del demanio; acquistato dal Comune di Cantù all’inizio del sec. XX, è stato adibito ad uso uffici pubblici e aule scolastiche che si allineano ai lati del chiostro grande e di quello minore, splendido e intatto (pur bisognoso di urgenti restauri), di Santa Chiara.